Собор
Высшим органом, при содействии которого Предстоятель ЭПЦ МП управляет Церковью, является Собор Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата.
Собор осуществляет высшую законодательную, административную и контролирующую власть. Членами Собора является всё духовенство ЭПЦ МП (исключая заштатных и запрещённых в служении), а также по одному представителю от мирян, избираемых от каждого Прихода. Собор созывается не реже одного раза в год.
В настоящее время в ЭПЦ МП насчитывается 37 приходов, в которых совершает своё служение 80 клириков (4 архиерея, 59 священников и 17 диаконов).