Собор
Высшим органом, при содействии которого Предстоятель ЭПХЦ управляет Церковью, является Собор Эстонской Православной Христианской Церкви.
Собор осуществляет высшую законодательную, административную и контролирующую власть. Членами Собора является всё духовенство ЭПХЦ (исключая заштатных и запрещённых в служении), а также по одному представителю от мирян, избираемых от каждого Прихода. Собор созывается не реже одного раза в год.
В настоящее время в ЭПХЦ насчитывается 37 приходов, в которых совершает своё служение 80 клириков (4 архиерея, 59 священников и 17 диаконов).