Структура ЭПХЦ
Главой (Предстоятелем) Эстонской Православной Христианской Церкви является митрополит Таллинский и всея Эстонии Евгений.
Предстоятель ЭПХЦ избирается Собором ЭПХЦ и вступает в должность после утверждения избрания Патриархом Московским и всея Руси. Срок его полномочий не ограничен.
В составе Эстонской Православной Христианской Церкви две епархии – Таллинская и Нарвская.
Нарвская и Причудская епархия объединяет приходы в административных границах города Нарва, Нарва-Йыесуу, волостей Вайвара, Иллука, Алайыэ, Ийзаку, Тудулинна, Лохусуу (уезд Ида-Вирумаа), волостей Торма, Касепяя, Пала (уезд Йыгевамаа), волости Алатскиви (уезд Тартумаа). Иные административные территории Эстонской Республики относятся к Таллинской епархии, управляемой митрополитом Таллинским и всея Эстонии.
С 2011 года правящим архиереем Нарвской епархии является епископ Нарвский и Причудский Лазарь. В Таллинской епархии в 2016 году утверждена должность викарного архиерея, который помогает митрополиту Таллинскому и всея Эстонии в епархиальных делах. Викариями Таллинской епархии являются епископ Маардуский Сергий и епископ Тартуский Даниил.